أُنشأ المعمل المركزى لتحليل متبقيات المبيدات والعناصر الثقيلة فى الأغذية بموجب القرار الوزاري رقم 680/1995 الذى يُخول له سُلطَة إصدار شهادات رسمية بالتحاليل التى يجريها باعتباره المعمل المرجعي لوزارة الزراعة والمعمل الوحيد المعتمد لإجراء هذه التحاليل فى مصر والحاصل على شهادة الاعتماد الدولية طبقاً لنظام أيزو 17025 من الفرع الفنلندى فى أوروبا(FINAS) . ويعتبر المعمل هو أول معمل معتمد في مصرمنذ عام 1996.

يقوم اامعمل بتنفيذ برامج تقصي نسب للملوثات الكيماوية والبيولوجية في المحاصيل الزراعية بهدف الحفاظ علي صحة الانسان المصري وحمايتهِ من الأغذية الملوثة وذلك بمراقبة بعض الواردات والأسواق المحلية وعدم التصريح بتداول المخالف للمواصفات المصرية أو العالمية بما يبث الثقة فى القاعدة العريضة للمستهلكين فى نظافة وسلامة الغذاء والمنتجات الزراعية فى مصر.

يساهم المعمل بدوراً رئيسياً وفاعلاً في زيادة حجم الصادرات الزراعية المصرية وتحسين قدرتها التنافسية والتقيد بمواصفات الجودة والأمان المفروضة في أسواق التصدير تبعاً لاتفاقيات التجارة الحرة وسياسات الجوار مع الاتحاد الأوروبي وذلك بإصدار شهادات معتمدة بالتحاليل عالية الدقة التى تجرى عليها قبل تصديرها وحل مشاكل التصدير الخاصة بالملوثات فى هذه المنتجات.